历史沿革
1958年，山东中医学院创建。

1978年，学校被确定为全国重点建设的中医院校。

1981年，学校被山东省政府列为省属重点院校，被国务院学位委员会批准为全国高等中医药院校首批学士和硕士学位授予单位。

1986年，学校获得博士学位授予权。

1996年，学校经原国家教委批准更名为山东中医药大学。

1998年，学校设立首个博士后科研流动站，同年被国务院学位委员会批准为首批临床专业硕士学位授予试点单位。

2000年，学校被批准为临床专业博士学位授予试点单位。

2007年，学校由济南市历下区主体迁至长清大学科技园，是山东省唯一一所独立设置的医药科大学，教育部本科教学工作水平评估优秀学校。

2012年，学校成为山东特色名校工程首批5所应用基础型特色名校之一。

2016年，山东中医药大学设立青岛中医药科学院，下设山东中医药大学青岛研究院、山东中医药大学青岛研究生院和山东中医药大学“国医堂”。

2017年05月22日，山东中医药大学2017年本科招生计划公布，今年学校计划招生4550人，其中本科4250人，专升本300人。自今年起，学校取消专科招生计划。

学术科研
科研平台
截至2018年6月，有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，设有1个国家教育部重点实验室、6个国家中医药管理局三级重点实验室，2个国家中医药管理局重点研究室、2个山东省重点实验室、3个山东省工程技术研究中心、1个山东省示范工程技术研究中心、1个山东省工程实验室、3个山东省高等学校协同创新中心，7个山东省高校科研创新平台。

学术资源
馆藏资源

截至2014年5月，学校图书馆馆藏纸质图书110万册、电子图书47万册。馆藏的中医药文献中，线装古籍2.9万册，包括木刻本、石印本、手抄本、影印本等，其中，乾隆以前出版的珍、善本图书172种，共1700余册，收藏最早的是明代正德十年(1515年)的《铜人针灸经》一书，收藏最为完整的是《金匮伤寒》。图书馆馆藏孤本书有十多种，包括明代天启六年李盛春汇集的《医学研悦》(共十册一函)、清代康熙年间的《按摩经》(手抄本)以及光绪二十二年叶天士的《秘本种子金丹》(石印本)等。