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成都中医药大学在周恩来等党和国家第一代领导集体的亲切关怀下于1956年创建，是我国最早的四所中医药高等院校之一，原名为成都中医学院。

1995年经原国家教委批准更为成都中医药大学。

2006年6月四川生殖卫生学院、四川省卫生管理干部学院并入

2009年成都中医药大学药学院成立50周年。

2017年5月，成都中医药大学与四川师范大学、四川理工学院组成“校校战略联盟”。

2017年5月25日，学校被评为四川省第二批省级深化创新创业教育改革示范校。

2017年9月，入选国家首批“双一流”世界一流学科建设高校名单。